Toepassingen kunnen in Allegro Framework op de volgende manieren worden uitgevoerd:

Menu

Een standaardmanier om een overzicht te krijgen van beschikbare applicaties en om ze te laten draaien.

Code

Een van de vele gebruikersinstellingen die Allegro Framework biedt, is het toewijzen van aangepaste codes aan de geselecteerde toepassingen. Deze kunnen dan worden geopend door de code in te voeren in het corresponderende invoerveld in de statusbalk. De sneltoets Alt+C kan worden gebruikt om dit veld te activeren.

Maar het maken van applicatiecodes biedt nog een andere zeer interessante functie - het aanvinken van een of meer codes zorgt ervoor dat de toegewezen applicatie automatisch start direct na het opstarten van Allegro Framework.

Identifiecode

Een andere optie is om een unieke identifier te gebruiken die door de programmeur aan de toepassing is toegewezen. Het invoerveld met de lijst van deze identifiers staat op de statusbalk en is ook toegankelijk met de sneltoets Alt+I.

Bureaublad

De laatste methode is Bureaublad. Het bevat zijn eigen menu met toepassingen die zijn aangepast om te worden uitgevoerd in zijn eigen werkgebied. Als er toepassingen open blijven staan wanneer je Bureaublad afsluit, worden ze automatisch gestart wanneer je Bureaublad de volgende keer opent. Deze functie, in combinatie met de toegepaste optie om Bureaublad te starten na het opstarten van Allegro Framework, kan een soortgelijk effect bereiken als het markeren van applicatiecodes voor automatisch starten (zie hierboven).