Avec Allegro Framework, les applications peuvent être exécutées de la manière suivante :

Menu

Une manière standard d'obtenir une vue d'ensemble des applications disponibles et de les autoriser à s'exécuter.

Code

L'un des nombreux réglages utilisateur que propose Allegro Framework consiste à attribuer un code personnalisé aux applications sélectionnées. Celles-ci peuvent alors être ouvertes en saisissant le code dans le champ de saisie correspondant de la barre d'état. Le raccourci clavier Alt+C peut être utilisé pour activer ce champ.

Mais la création de codes d'application offre une autre fonctionnalité très intéressante : en cochant un ou plusieurs codes, l'application assignée démarre automatiquement dès le démarrage de  Allegro Framework.

Identifiant

Une autre option consiste à utiliser un identifiant unique attribué à l'application par le programmeur. Le champ de saisie contenant la liste de ces identifiants se trouve dans la barre d'état et est également accessible à l'aide du raccourci clavier Alt+I.

Bureau

La dernière méthode est offerte par le Bureau. Il contient son propre menu d'applications modifiées pour fonctionner sur son propre espace de travail. Si l'une de ses applications reste ouverte lorsque vous quittez le Bureau, elle est automatiquement lancée la prochaine fois que vous ouvrez le Bureau. Cette fonction, combinée à l'option appliquée pour lancer le bureau après le démarrage Allegro Framework , permet d'obtenir un effet similaire à celui du marquage des codes d'application pour le démarrage automatique (voir ci-dessus).